C’è un particolare tipo di vegetazione che cresce su delle opere particolari di Siracusa: le Latomie. Intanto bisogna ricordare che le Latomie sono cave scavate nella viva roccia, assai profonde, rocce per lo più carbonatiche risalenti all’incirca a 6.000.000 di anni fa, nelle quali si trovano frammenti fossili come alghe, molluschi, ecc.. Le Latomie sono state oggetto di studio da parte di molti studiosi che hanno dato luogo a varie leggende. Si credeva che esse avessero diverse funzioni, oltre che di cave per l'edilizia anche di prigioni e di luogo di culti pagani. Cominciamo a trattare le Latomie dei Cappuccini al di sopra delle quali i monaci hanno costruito il loro convento ed utilizzarono le cave come giardini e corti. Le Latomie dei Cappuccini sono tra le più antiche, e soprattutto più ricche di vegetazione in cui si trovano forme spontanee e coltivate. Molte specie, infatti, sono di origine antichissima, in questo gruppo figurano il mirto (Myrtus comunis), arbusto sempreverde con foglie lisce, con ghiandole aromatiche, fiori profumati e bacche nere. Capparis spinosa, arbusto rampicante le gemme dei cui fiori sono note con il nome di capperi. Acanthus mellis, pianta a foglie larghe profondamente incise, prese come modello per i capitelli delle colonne corinzie. Fra le forme coltivate ricordiamo: Laurus nobilis, albero con foglie coriacee verde cupo. Venerato nei tempi classici era considerato sacro ad Apollo. I rami, intrecciati in corone e ghirlande erano ritenuti simboli di vittoria.
Pinus halipensis (Pino d'Aleppo), albero con foglie aghiformi verde brillante e corteccia grigia argentea. Bouganvillea spectabilis, pianta brasiliana introdotta in Europa nel 1829. Ha brattee fiorati colorate (rosso, violetto, arancio o porpora). Tra la necropoli “Grotticelle” e l'Anfiteatro Romano vi è la Latomia di S. Venera. Nel fondo della cava, molto interrata, grossi massi emergono tra la fitta vegetazione, nelle pareti si aprono incavi ed antri orlati o quasi totalmente coperti dal verde. Si può dividere in tre zone: la prima è caratterizzata dall'enorme Ficus (conosciuto come l'albero secolare). La seconda con folta vegetazione fra cui spiccano le forme coltivate come Punica granatum, piccolo albero spinoso con fiori bianchi o rosa e frutto rubicondo dalla grossezza di una mela. Fin dai tempi più antichi è stato simbolo di fertilità. Ceratonia siliqua (carrubo) è una pianta delle regioni più aride del Mediterraneo. Il fogliame verde scuro procura una piacevole ombra. I frutti vengono mangiati e sono utilizzati per farne sorbetti e bevande fermentate ma anche per nutrire il bestiame. Tamarix fallica, arbusto piumoso di colore grigio verde, provvisto di foglie minuscole e di lunghe spine con fiori delicati rosei. Matricaria chamomilla erba annua con fiori in capolini. La terza zona porta alla "Tomba di Archimede" con meno vegetazione in cui si trovano per lo più forme spontanee come Hedera helix, specie ruderale dei luoghi ombrosi, assume l'aspetto di un arbusto rampicante con fusto sottile, foglie alterne, fiori in piccoli ombrelli.
La Latomia "del Paradiso", che si trova nei pressi del Teatro Greco è molto vasta a forma circolare. Il lato più alto è quello di nord-ovest sulla Grotta dei Cordari, nel lato opposto c'è un interramento che si prolunga per il resto della Latomia e permette la crescita di una lussureggiante vegetazione spontanea e coltivata. Ricordiamo 1'Agave americana provvista di un'enorme rosetta basale spinosa, produce una infiorescenza una sola volta nella sua vita (candelabro). Dopo la fioritura la pianta muore. E' stata importata nella regione Mediterranea da oltre due secoli. Malva silvestris, erba ruderale con foglie palminervie e fiori rosei. Campanula rupestris, pianta vistosa che predilige rocce e muri. I fusti recano belle campanule di colore blu. Thimus vulgaris, specie che con le sue foglie aromatiche e ghiandolose, appartiene alla famiglia delle Labiate. Rubus fruticosus, noto come "rovo" con frutti a drupeole. Hibiscus Triontun. specie arbustiva con fiori campanulati effimeri, di vario colore. Nella Latomia del Paradiso si trova l'Orecchio di Dionisio, grotta artificiale conosciuta come “grotta che parla” per i suoi effetti acustici. Si credeva che dovesse essere il carcere di Dionigi, costruito in questa forma per potere ascoltare ciò che dicevano i prigionieri. Anche sui muri che circondano l'apertura della grotta vegeta la flora mediterranea, ricca e piena di colore. Forme vegetali che qui dimorano sono: Lithospermium rosmarinifolium (il rosmarino), Capparis rupestris, il mirto, l'oleandro, composite e leguminose.
Nella parte iniziale di viale Tica vi è la Latomia “del Casale” dal nome del marchese che ne era proprietario. Qui, oltre le forme spontanee, crescono agevolmente limoni ed aranci perché la latomia è poco profonda e deve avere parecchio interramento. Comunque nella prima parte mancano le coltivazioni e mediante una moderna rampa si accede alla seconda parte come già detto completamente coltivata ad agrumeto ed irrigata per mezzo di serbatoi posti sopra la latomia.
Infine ricordiamo la Latomia del Buffalaro in viale Epipoli verso il castello Eurialo. Detta anche Latomia del “filosofo” dal nome del poeta Filomeno. Purtroppo da parecchio tempo è divenuta un ovile. Tutte le cave di questa zona dovettero fornire i materiali per la costruzione del castello Eurialo. Troviamo forme di vegetazione spontanea come Papaver rhoeas, erba annua tipica dei luoghi incolti con fiori solitari rossi vivo. Opuntia ficus indica pianta dal fusto globoso con numerose spine (fico d'India). Capparis spinosa, Rubus fruticosus, Foeniculum silvaticum, pianta spontanea con frutti aromatici. Le caratteristiche climatiche comuni delle cave siracusane danno quindi una descrizione globale della vegetazione. Comunque l'uomo ha prodotto delle variazioni, con l'importazione di piante subtropicali come le palme, l'agave, il nespolo, l'arancio, il limone, il fico d'India che sono ormai parte integrante dell'attuale paesaggio mediterraneo.